如何解決主力艦與旗艦
主力艦與旗艦配備強大火力和重型護盾。在艦隊戰爭，您將要帶領群雄，襲擊這些戰場上的龐然大物。
如何解決主力艦
您必須摧毀護盾，對船體造成傷害，才能摧毀敵方主力艦。轟炸機型星際戰機通常都會配備專門摧毀主力艦用的零件。若為輕型艦、突擊者、巡航艦和星雲B，不妨先用離子傷害破壞護盾，再用炸藥和雷射砲傷害船體。繼續造成傷害，船艦就會墜落。即使您的士氣不足，無法獲得艦隊支援，也有可能攻擊敵方主力艦（請參閱此處的「士氣是什麼？」小節，瞭解詳情），不過此舉極為危險，而且通常不建議。
如何解決旗艦
MC75與滅星者驅逐艦這類旗艦，配備會再生的護盾、多套子系統以及大量砲塔。襲擊旗艦分好幾個階段，您不妨用不同的星際戰機類型試試看，並且使用不同的零件找出摧毀旗艦的最佳方式。您可以嘗試派攔截機俯衝，低空掃射砲塔，這樣一來，轟炸機登場癱瘓護盾時比較安全，戰機也才能登場摧毀護盾發動機。想要摧毀旗艦，就必須摸清旗艦的不同零件和子系統，知道如何削弱其優勢。
